Разнообразно и богато птичье население заповедника Сары-Челек. По сезонам и по вертикальным поясам наблюдаются колебания в количественном и видовом составах. В холодное время года в лесном поясе можно встретить птиц, спустившихся с высокогорий: улара, кеклика, синюю птицу, альпийскую галку, седоголовую горихвостку, альпийскую завирушку. Из зимующих птиц, прилетающих из северных районов, довольно многочисленны темнозобые дрозды, зяблики, юрки, у незамерзающих родников и вдоль речек встречаются зимующие бекасы, кряквы и нырки. Многочисленными зимой становятся стаи черных ворон, постоянно держащихся у поселка или в местах подкормки и отлова кабанов. Из оседлых птиц весьма обычны зимой черные дрозды, синицы — большая, рыжешейная, лазоревка; встречаются белокрылый дятел и рыжеспинная горихвостка. В ореховом лесу и среди кустарников можно встретить птичку с задорно вздернутым хвостиком. Это крапивник, одна из самых маленьких птиц в орнитофауне страны.
Зимуют в лесном поясе и майны, населившие территорию заповедника недавно.
Весной и осенью на пролете можно встретить серых ворон, рогатых и хохлатых жаворонков, чибисов. К залетным птицам, проникающим на территорию заповедника в теплое время года, относятся розовые скворцы, сизоворонки, щурки, зимородки.
Неизмеримо возрастает птичье население, как по числу особей, так и по видовому составу, поздней весной и летом. Прилетные птицы наполняют своими звонкими голосами кустарниковые заросли и ореховые рощи. В это время многочисленны дрозды-дерябы, в высокогорье встречается пестрый каменный дрозд, в лесах и на высокогорных лугах весьма обычны овсянки — Стюарта, горная, желчная, коньки — луговой и лесной.
В ельниках, в высокогорье встречаются коноплянки и чечевицы, изредка — краснокрылый стенолаз. В лесах и кустарниках в среднегорье обычны зеленушка, удод, дубонос, славка, мухоловка, соловей, сорокопут, щегол. К концу весны в высокогорье прилетают снежные стрижи, отличающиеся от белобрюхих сплошь черной окраской. В лесном поясе у скал держится стая ласточек, вдоль горных речек — белые и горные трясогузки, оляпки и синие птицы. В лесах обычны голуби — вяхири и горлицы.
Весьма нередки здесь: кукушка с ее неповторимым кукованием; иволга, отличающаяся мелодичной трелью и яркой желтой окраской; перепел и коростель, ночные крики которых не спутаешь ни с какими другими; филин, неясыть, ушастая сова, славящаяся своими заунывными криками в спящем ночном лесу; пустельга, довольно многочисленная осенью, способная долго парить (трепетать) на одном месте; каменка-плясунья, резким криком сопровождающая путника на горной тропе. В теплое время года наиболее богаты птицами угодья лесного пояса: ореховые и яблоневые редины с кустарником, кустарники на освещенных склонах, высокотравные луга, пойменные леса. В высокогорье много певчих птиц встречается в крупнотравных зарослях борщевика, дягиля, прангоса. Мало их в каменистых местообитаниях — в скалах, осыпях, а также на озерах из-за недостатка пищи.
Заповедник имеет высокую ценность с точки зрения туристических впечатлений и знакомства с природой, характерной для отрогов Западного Тянь-Шаня.
Туристу, посетившему заповедник один раз, безусловно, трудно запечатлеть сразу все его богатство, но прекрасные ландшафты: лес, горы, синь озера Сары-Челек — всегда ждут любителя и ценителя природы.
